روز 13 مهرماه 1343 حضرت امام به همراه فرزنـدشان آیه الله حاج آقا مصطفـى از ترکیه به تبعیدگاه دوم, کشـور عراق اعزام شدند . امام خمینى پس از ورود به بغداد براى زیارت مرقد أمه اطهار(ع) به شهــرهــاى کاظمیـن, سامـرا و کـربلا شتـافت ویک هفته بعد به محل اصلـى اقـامت خـود یعنـى نجف عزیمت کرد.
دوران اقامت طـولانـى و 13 ساله امام خمینـى در نجف در شـرایطـى آغاز شد که هر چند در ظاهر فشارها و محدودیتهاى مستقیـم در حـد ایـران و تـرکیه وجـود نـداشت اما مخالفتها و کارشکنیها و زخـم زبانها نه از جبهه دشمـن رویارو بلکه از ناحیه روحانى نمایان و دنیا خـواهان مخفى شده در لباس دیـن آنچنان گسترده و آزاردهنده بود که امام خمینى با همه صبر و بردبارى معروفـش بارها از سختى شرایط مبارزه در ایـن سالها به تلخى تمام یاد کرده است. ولى هیچیک از ایـن مصـأب و دشـواریها نتـوانست او را از مسیـرى که آگـاهانه انتخاب کرده بود باز دارد . امام خمینى سلسله درسهاى خارج فقه خـویـش را با همه مخالفتها و کارشکنیهاى عناصـر مغرض در آبان 1344 در مسجـد شیخ انصارى (ره) نجف آغاز کرد که تا زمان هجـرت از عراق به پاریـس ادامه داشت . حوزه درسى ایشان به عنـوان یکى از برجسته تریـن حـوزه هاى درسى نجف از لحـاظ کیفیت و کمیت شـاگـردان شنـاخته شـد .
امام خمینـى از بدو ورود به نجف با ارسال نامه ها و پیکهایى به ایران, ارتباط خویـش را با مبارزیـن حفظ نموده و آنان را در هر منـاسبتـى به پـایـدارى در پیگیـرى اهـداف قیام 15 خـرداد فـرا مى خواند . امام خمینى در تمام دوران پـس از تبعید, علیرغم دشواریهاى پدید آمـده, هیچگاه دست از مبارزه نکشیـد, وبا سخنـرانیها و پیامهاى خـویـش امیـد به پیـروزى را در دلها زنـده نگـاه مى داشت .
امام خمینى در گفتگـویى با نمانیده سازمان الفتح فلسطیـن در 19 مهر 1347 دیـدگاههاى خـویـش را دربـاره مسأل جهان اسلام و جهاد ملت فلسطین تشریح کرد و در همیـن مصاحبه بر وجـوب اختصاص بخشـى از وجـوه شـرعى زکات بـه مجـاهـدان فلسطینـى فتـوا داد .
اوایل سال 1348 اختلافات بیـن رژیـم شاه و حزب بعث عراق بـر سـر مرز آبـى دو کشـور شدت گرفت. رژیـم عراق جمع زیادى از ایرانیان مقیـم این کشـور را در بدتریـن شرایط اخراج کرد. حزب بعث بسیار کوشید تا از دشمنى امام خمینى با رژیـم ایران در آن شرایط بهره گیرد .
چهار سال تـدریـس, تلاش و روشنگرى امام خمینـى تـوانسته بـود تا حـدودى فضاى حـوزه نجف را دگرگـون سازد. اینک در سال 1348 علاوه بر مبارزین بیشمار داخل کشـور مخاطبیـن زیادى در عراق, لبنان و دیگـر بلاد اسلامـى بـودنـد که نهضت امام خمینـى را الگـوى خـویـش مى دانستند
